L’analyse des visons COVID montre que les mutations ne sont pas dangereuses – pour l’instant

Des visons dans une ferme appartenant à la famille Rønnow vus le 6 novembre 2020 à Herning, au Danemark.

Le nouveau coronavirus se propage rapidement chez les visons.Crédit : Ole Jensen/Getty

Les responsables de la santé au Danemark ont publié des données génétiques et expérimentales sur un groupe de mutations du SRAS-CoV-2 circulant chez les visons d’élevage et les humains, quelques jours après avoir annoncé que les mutations pourraient compromettre l’efficacité des vaccins potentiels COVID-19.

Les nouvelles de ces mutations ont incité le Premier ministre danois, Mette Frederiksen, à annoncer le 4 novembre des plans visant à mettre fin à l’élevage de visons dans un avenir prévisible – et à abattre quelque 17 millions d’animaux – ce qui a suscité un vif débat sur la légalité d’une telle action. Mais les scientifiques ont pris soin de ne pas tirer la sonnette d’alarme avant d’avoir vu les données.

Maintenant, les scientifiques qui ont examiné les données disent que les mutations elles-mêmes ne sont pas particulièrement inquiétantes car il y a peu de preuves qu’elles permettent au virus de se propager plus facilement parmi les gens, qu’elles le rendent plus mortel ou qu’elles mettront en péril les thérapeutiques et les vaccins. « Les mutations associées aux visons que nous connaissons ne sont pas associées à une propagation rapide, ni à des changements dans la morbidité et la mortalité », explique Astrid Iversen, virologue à l’Université d’Oxford, au Royaume-Uni.

Mais les chercheurs affirment que l’abattage des animaux est probablement nécessaire, étant donné la propagation rapide et incontrôlée du virus chez les visons – détectée dans plus de 200 élevages depuis juin – qui fait de ces animaux une source virale massive pouvant facilement infecter les personnes. Dans les régions où des élevages de visons sont touchés, le nombre de personnes atteintes du COVID-19 augmente considérablement, explique M. Iversen. Et il y a environ trois fois plus de visons que d’habitants au Danemark. « L’abattage des visons est nécessaire », dit-elle.

La propagation non contrôlée chez les visons augmente également la possibilité pour le virus d’évoluer et de développer des mutations qui pourraient être inquiétantes, dit Jannik Fonager, virologue au Statens Serum Insitut, l’autorité sanitaire danoise qui dirige les enquêtes, basée à Copenhague. Il dit que les scientifiques ont partagé leurs inquiétudes avec le gouvernement, mais que ce dernier a décidé d’abattre les visons.

Le 10 novembre, le gouvernement a soumis une législation pour permettre l’abattage, et a exhorté les agriculteurs à commencer le processus.

Mutations de visons

Fonager dit que les chercheurs au Danemark ont séquencé des échantillons viraux provenant de 40 élevages de visons et ont identifié quelque 170 variantes de coronavirus. Il ajoute que dans les échantillons viraux provenant de personnes – représentant environ un cinquième du total des cas confirmés de COVID dans le pays – ils ont trouvé quelque 300 personnes avec des variants contenant des mutations que l’on pense être apparues pour la première fois chez les visons. « C’est quelque chose que nous voulons vraiment surveiller de près »

Dans les échantillons viraux de visons et de personnes, les chercheurs ont identifié plusieurs mutations dans le gène codant pour la protéine spike du coronavirus, qu’il utilise pour entrer dans les cellules. Cela préoccupe les chercheurs car les changements dans cette région pourraient affecter la capacité du système immunitaire à détecter l’infection. De nombreux vaccins entraînent également le système immunitaire à bloquer la protéine spike.

Un variant viral particulièrement préoccupant contient une combinaison unique de mutations appelée « Cluster-5 », qui a été trouvée dans 5 fermes et 12 personnes dans la région du Jutland du Nord, dans le nord du pays. Selon Fonager, la variante Cluster-5 entraîne trois changements d’acides aminés et deux délétions dans la protéine spike.

Les expériences cellulaires préliminaires suggèrent que les anticorps de certaines personnes ayant récupéré du COVID-19 ont eu plus de mal à reconnaître la variante Cluster-5 que les virus qui ne portaient pas les mutations Cluster-5. Ces résultats suggèrent que cette variante pourrait être moins sensible aux traitements par anticorps ou aux vaccins, et ont motivé la décision du gouvernement d’éliminer les visons d’élevage, selon une lettre du chef des services vétérinaires du Danemark à l’Organisation mondiale de la santé animale. « C’est la bonne chose à faire dans une situation où le vaccin, qui est actuellement la lumière au bout d’un tunnel très sombre, est en danger », a déclaré le ministre danois de l’alimentation et de la pêche, Mogens Jensen, dans une déclaration publique le 5 novembre.

Mais les chercheurs qui ont examiné les données disponibles disent que ces affirmations sont spéculatives. La variante Cluster-5 semble être une « impasse » chez les personnes parce qu’elle ne s’est pas répandue largement, dit Iversen. La plupart des personnes infectées travaillaient dans les fermes et ont probablement été exposées à une dose virale élevée. La variante n’a pas été vue depuis septembre malgré un séquençage étendu et le partage des données, dit-elle.

Iversen ajoute que le travail expérimental est trop limité pour tirer des conclusions sur ses implications pour les thérapies et les vaccins. « Il est vraiment important dans cette situation de ne pas surinterpréter des données très préliminaires. »

Spread in people

Une mutation associée à la vison s’est propagée plus largement chez les humains. La mutation, Y453F, code également un changement d’acide aminé dans la protéine spike et a été trouvée dans environ 300 séquences de personnes au Danemark, ainsi que dans des séquences de visons et de personnes aux Pays-Bas. Une étude expérimentale suggère que les variantes du virus avec la mutation Y453F ont partiellement échappé à la détection par un anticorps monoclonal commercial.

Mais cela ne signifie pas que cette mutation entravera l’effet thérapeutique du médicament dans le corps, dit Iversen.

On ne sait pas non plus si toutes les mutations associées à la vison chez l’homme proviennent effectivement de la vison, car toutes les données n’ont pas été publiées, explique David Robertson, virologue à l’université de Glasgow, au Royaume-Uni.

Mais il existe des exemples de mutations provenant de la vison et passant à l’homme, affirme Kasper Lage, biologiste informaticien au Massachusetts General Hospital et au Broad Institute du MIT et de Harvard à Boston. Et de nombreux chercheurs s’inquiètent du fait que la propagation incontrôlée du virus à travers des millions de visons pourrait éventuellement conduire à des mutations problématiques.

Foyers incontrôlés

Au Danemark, premier producteur mondial de peaux de vison, les autorités peinent à contrôler les foyers d’élevage, malgré des mesures de contrôle étendues. Dans de nombreuses exploitations touchées, presque tous les animaux ont des anticorps contre le virus. Des foyers ont également été détectés dans des élevages de visons aux Pays-Bas, en Suède, en Espagne, en Italie et aux États-Unis. Les Pays-Bas prévoient d’abattre la totalité de leur population de visons d’ici 2021, accélérant ainsi les plans visant à mettre fin à l’élevage de visons d’ici 2024.

Les scientifiques ne savent toujours pas comment le virus pénètre dans les élevages, explique Anette Boklund, épidémiologiste et vétérinaire à l’Université de Copenhague. Son équipe a trouvé de faibles niveaux d’ARN viral sur des mouches domestiques, ainsi que dans des échantillons de cheveux et d’air à proximité des cages à visons.

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